El Instituto Milenio SAPHIR cuenta con un programa de becas destinado a apoyar la formación académica y la participación en actividades científicas de estudiantes y jóvenes investigadores vinculados al instituto. Estas becas buscan facilitar la dedicación a la investigación, la asistencia a escuelas, congresos y talleres, así como la movilidad nacional e internacional.
El programa de becas SAPHIR refleja el compromiso del instituto con la equidad, la excelencia académica y el fortalecimiento sostenido del capital humano en ciencia y tecnología.