SAPHIR impulsa y participa activamente en escuelas científicas nacionales e internacionales, orientadas a la formación avanzada en física de partículas, computación científica, análisis de datos y tecnologías asociadas. Estas escuelas están dirigidas a estudiantes de pregrado, posgrado y jóvenes investigadores, y combinan clases teóricas, sesiones prácticas y actividades de interacción académica.
A través de estas instancias, el instituto promueve el intercambio de conocimientos, el fortalecimiento de redes científicas y la integración de la comunidad SAPHIR en espacios formativos de excelencia.